설치령이 제정되고 개교를 위한 여러 준비 중 가장 난항을 겪었던 문제는 학교 부지에 관한 문제였다. 문화부는 당초 캠퍼스 없는 학교로 한국예술종합학교를 출범시킬 예정이었으나 대학 본부가 없으면 학생 모집이 불가하기 때문에 본부 설립을 결정했다. 1992년 4월, 문화부는 태릉 국제사격장 인근 부지와 장충동 구 국악고등학교 부지, 서초동 예술의전당 주변 등을 학교 소재지로 거론하기 시작했다. 그러나 1982년에 제정된 수도권정비계획법에 따라 수도권에는 4년제 대학이나 그에 준하는 시설을 세울 수 없었다. 이에 충청도와 강원도를 염두에 두고 부지 선정이 진행되었고 천안 독립기념관 서곡부지가 1차 부지로 선정되었다. 하지만 교통 문제로 반발에 부딪혔고, 교육부는 이미 음악원 학습장으로 지정된 예술의전당을 학교 소재지로 보고 건설부와의 수도권정비계획법시행령 개정협의가 필요하다는 의견을 제시했다.

문화부는 건설부 등 관계 부처와 지속적인 협의를 거쳤고, 입학식 직전인 1993년 2월 20일에 수도권정비계획법시행령이 개정됨에 따라 수도권 내 학교 신설 근거가 마련되었다. 이 개정은 한국예술종합학교의 수도권 내 신설 및 그 시설의 신축을 예외로 인정 및 허가하는 내용으로, 학교 본부가 수도권 외에 설립될 경우 서울에 위치한 각 공연학습장과 연계될 수 없고 우수한 강사진 확보가 어렵다는 문화예술계의 의견이 반영된 것이었다.