1993년 3월 8일에 개최된 한국예술종합학교 제1회 입학식을 기점으로 음악원이 공식적으로 개원하였다. 공식적인 개원 이전인 1993년 1월 13일, 이경숙 교수가 초대 음악원장으로 임명되었다. 이경숙 교수는 1967년 제네바 국제 음악 콩쿠르에서 입상하고, 1968년에 필라델피아 오케스트라와 협연 실황이 전 미국에 방영되면서 그의 이름을 널리 알렸다. 그는 국내에서 처음으로 전문 연주자의 시대를 연 피아니스트이자, 1980년 이후에는 우리나라 피아노 음악을 실질적으로 이끌어 온 대표적인 피아니스트로 평가된다. 당시 연세대학교 음악대학 교수로 재직하던 중 한국예술종합학교 교수로 임용, 초대 음악원장으로 임명되었다.
음악원 예술사 과정에는 성악과, 기악과, 작곡과(작곡 전공 및 이론 전공), 지휘과 등 4개과가 설치되었다. 특히 기악과는 국내 최초로 하프시코드 전공과 국내 음악대학에는 보기 드문 색소폰 전공과 기타 전공을, 그리고 신학대학이나 종교음악과에만 개설하는 오르간 전공을 개설하여 주목을 받았다. 1997년에는 일반적으로 클라리넷 주자나 트롬본 주자가 각각 부수적으로 연주하는 것이 관습이었던 베이스 클라리넷과 유포니움을 전공 악기로 개설하여 관악 분야의 발전에 기여했다. 1998년에는 작곡과의 이론 전공이 음악학과로 독립하였고, 지휘과 내에 기존의 오케스트라 지휘 전공 외에 사회적으로 많은 수요가 있는 합창 지휘 전공을 신설하였다.
1999년에는 예술전문사 2년 과정(‘94. 3. 3. 개설)과는 별도로 3년 과정의 전문연주자 과정(아티스트 디플로마 과정)을 신설했다. 이 과정은 한국에서는 처음 시도되는 과정으로서, 전공 분야의 실기 부분을 집중적으로 학습하여 곧장 현장에 적용할 수 있는 전문실기인력 배출을 목표로 한다. 이 과정에는 무대 현장에서 수요가 많지만 국내에서는 공부할 길이 거의 없었던 오페라 전공, 가곡 및 오라토리오 전공, 성악 코치 전공, 오페라 연출 전공, 독주 전공, 반주 전공, 오케스트라 전공 등을 개설하였다.
초대 교수진
기악과: 김남윤(바이올린), 오순화(비올라), 이경숙(피아노),
강충모(피아노), 임종필(피아노)
작곡과: 이건용, 유병은
성악과: 김영미, 최현수
지휘과: 정치용
이론과: 주성혜
초빙교수: 정명화(첼로), 배익환(바이올린)
교육공간
현재 음악원은 1999년에 신축한 서초동캠퍼스를 사용하고 있지만 개원
당시에는 예술의전당 오페라극장과 음악당 일부를 개조하여 학교 시설로
활용했다. 1993년 음악원 개원 당시 예술의전당 음악당 2층은 총장실,
사무국, 교학과, 기획과 등의 학교 본부 조직과 한국예술연구소가
사용했고, 오페라극장 5층과 음악당 지하는 음악원이 사용했다. 오페라극장
5층에는 원장실, 조교실, 회의실, 교수실 15개, 강의실 4개가 있었고,
음악당 지하에는 피아노랩실과 31개의 연습실이 있었다. 1993년 9월에는
예술자료관 지하에 8개의 스튜디오를 추가로 임차하여 사용하였고, 차차
시설을 확충해 나갔다.