무용원은 국내 최초의 단일 고등 무용 교육기관으로, 고등 무용 교육이 필요하다는 전제 아래 무용 예술인과 연구자 양성을 취지로 설립이 계획되었다. 설립 초기 무용원은 기존 고등 무용 교육에서 수동적이고 암기 위주의 실습과 기능 나열에 치우친 단순 창작 교육의 한계를 극복하고 예술적 창의성을 개발하는 것을 목표로 삼았다.

1996년 3월 개원에 앞선 준비 작업은 1995년 8월 28일 열린 제1차 무용원 개원 자문위원회가 구성되면서 시작되었다. 1차 회의에서는 무용원 교육 방향, 설치 학과 및 전공 분야, 신입생 모집 정원, 전형 방법, 교과 과정 등에 관한 개원에 핵심적인 사안을 다루었고, 자문위원 중 김혜식 당시 국립발레단장이 1995년 11월 3일 초대 무용원장으로 내정되었다.

무용원은 같은 해 11월 13일부터 무용원 예술사 과정 신입생 모집 지원서를 교부하고, 12월 11일부터 신입생 모집 1차 전형을 실시, 12월 30일 최종 합격자를 선발했다. 이어서 예술의전당 구내에 교사를 마련함으로써 개원을 위한 기초를 마련했다. 개원 당시 결정된 무용원의 예술사 정원은 60명이며, 이 정원은 지금까지 그대로 유지되고 있다. 실기과 40명, 창작과 10명, 이론과 10명의 정원으로 시작한 첫해에 무용원은 35명의 신입생을 선발하였다. 무용원의 예술전문사 과정은 2000학년도 제1학기에 개설을 예정에 두고 1999년 11월에 첫 신입생을 선발하였다. 모집 정원은 실기과 20명, 창작과, 이론과, 예술경영과 각 10명으로 모두 50명이며, 각 학과는 2년제로 운영된다.

초대 교수진
실기과: 김선희(발레), 김혜식(발레), 정승희(한국무용)
창작과: 김삼진(한국무용), 남정호(현대무용)
이론과: 김채현(무용이론), 허영일(무용이론), 홍승찬(공연예술경영)
초빙교수: 매들린 게이너드(Madeleine M. Gaynard, 무용요법), 마크 에몰로브(Mark Ermolov, 발레)

교육 공간
무용원은 개원한 1996년도 제1학기에는 음악원이 위치한 예술의전당 오페라극장 내의 발레연습실, 오페라연습실, 연극연습실을 임차해 무용실기실로 이용하고, 구내 사무실을 교수연구실과 강의실, 행정실로 임차해 사용했다. 같은 해 2학기에 장충동 국립극장 별관(구 국립국악고등학교, 현 국립극장 별오름극장)을 교사로 사용하던 연극원이 새롭게 마련한 구 석관동 교사로 이전하자, 무용원이 장충동 국립극장 별관으로 옮겨 갔다. 그러나 실기실이 여전히 부족했기 때문에 예술의전당 오페라극장 내의 발레연습실을 월 단위로 임차하여 사용했다. 무용원의 교육 공간은 장충동 국립극장 별관과 예술의전장 오페라극장으로 이원화 되어 있었으나, 1999년에 서초동캠퍼스가 완공되면서 일원화 되어 지금의 모습을 갖추게 되었다.