1999년 4월 30일, 한국예술종합학교 최초의 학생동아리 등록 접수가 마감되었다. 1999년에 공식 등록된 동아리는 총 5개였다. 신체 훈련 동아리 ‘남산의 적’은 연극원 교사가 장충동에 자리 잡고 있을 당시에 만들어진 동아리로, 호신술, 태극권 등 각종 스포츠로 심신을 단련하는 모임이다. ‘S.E.A(The Spirits of Everlasting Artist)’는 예술 대중화와 새로운 예술창작을 목표로 하는 공연 동아리다. ‘A.M.A(Art Making Art)’는 음악 실기를 전공하지 않은 학생들로 이루어진 음악 동아리로 구성원들이 다른 동아리에 비해 비교적 여러 원에 분포하고 있었다고 한다. ‘프릭스’는 록을 중심으로 여러 장르의 대중 음악을 다루며 연주하는 동아리다.

1999년에 총 5개였던 동아리는 다음 해에 16개로 늘어났다. 11개의 동아리가 신설되었고, 보다 다양한 성격의 동아리가 신설되었다. 제1대 동아리연합회가 동아리 활동의 발판을 마련하였다면 제2대 동아리연합회는 확대된 동아리 활동의 구체적인 활동 방안을 세우고 부족한 공간에 대한 문제를 해결하고자 노력했다. 거듭된 노력으로 2001년에는 제1회 동아리예술제(2001. 9. 17.-9. 20.)가 개최되어 여러 동아리가 함께 모여 그간의 활동을 선보였다. 제2회 동아리예술제부터는 학교 예술제와 함께 개최되었다.